一、受农业部委托，承担全国渔业统一综合执法行动的指挥、协调任务，根据农业部授权，对重大渔业违规案件进行调查处理。
二、承担专属经济区渔业执法检查的指挥工作；根据双边渔业协定对共管水域组织实施渔业执法检查；受农业部委托组织和协调有关国家和地区对口渔业执法机构，开展海上联合执法检查。
三、组织实施跨海区、跨流域、跨省（自治区、直辖市）和边境水域的渔业执法行动。负责拟定重要渔业执法检查计划，经批准后组织实施。
四、承担渔业重大事故、纠纷、突发事件和涉外事件的处理、统计和分析，负责应急值班的日常管理工作。负责渔船间重大水上交通事故的调查处理工作，参与调查处理渔业污染事故。
五、承担全国渔业无线电通信、导航的业务技术指导工作；拟定全国渔政管理指挥系统建设计划，经批准后实施。具体承担系统建设、管理和维护工作。
六、受渔业局委托，组织指导全国渔业行政执法队伍建设工作。负责渔业执法证件和制服管理，承担有关执法装备的政府采购工作。负责重大渔政基本建设项目执行情况的监督检查。
七、受渔业局委托，承担全国水生野生动植物保护管理及执法检查工作。
八、承办农业部交办的其它事项。